十六铺码头是南洋、北洋和长江航线的枢纽，又位于法租界与华界交界处，是五方杂处之地。外地人往往从十六铺码头走进上海滩，追寻自己的梦想。上海闻人虞洽卿早年从宁波来上海学徒，在十六铺码头下船后，恰逢大雨滂沱，赤脚前往瑞康颜料行。老板疑为“赤脚财神”上门，便加以重用。辛亥革命元老于右任青年时因鼓吹反清被通缉，亡命上海，在十六铺登岸，匿居法租界，后有幸成为马相伯的弟子。
有不少仁人志士从十六铺码头走向世界，学习先进科学文化，探求救国之路。1919年4月，湖南新民学会20多人从十六铺码头上船去法国勤工俭学。1920年底，周恩来赴法国勤工俭学，也是在十六铺码头登上法国邮轮“波尔多斯”号。
1921年，共产国际代表马林，经列宁推荐来华指导创建中国共产党（共-产党被自动翻译了）。6月3日，马林在十六铺踏进上海，在李达、李汉俊等人联络下，于7月23日召开了中国共产党第一次代表大会（共-产党被自动翻译了）。
在旧上海，十六铺码头及周边地区是藏污纳垢之地。大、小八股党和三十六股党在黄浦江沿岸横行霸道，这里更是他们的势力范围。南来北往的旅客和码头苦力、小贩无不提心吊胆，唯恐惹是生非。一些流氓大亨借助这里复杂的社会背景，左右逢源、呼风唤雨。青帮大亨杜月笙就是从十六铺发迹的。
1948年12月3日下午4时，沪甬定班客运“江亚轮”从十六铺码头启航，驶出长江口不久便遭爆炸沉没，3000余人丧生，超过“泰坦尼克”号一倍，成为世界上最大的海难。
1949年5月，军管会接管了招商局等17个官办交通机构，金利源码头由上海市人民轮船公司管理，1951年归属上海港务局,定名十六铺客运码头。
1954年和1982年,十六铺码头进行过两次较大改建。装卸区并入客运区，拆除招商局仓库，新建钢质浮码头，长624米,可同时停泊6艘大型客轮。建造高大宽敞客运大楼，建筑面积15000平方米。底层有大厅,两座候船室和母子候船室,楼上有两座候船室和一座贵宾候船厅,大楼可容纳旅客6000多人。
20世纪50年代十六铺客运站
20世纪七八十年代是十六铺码头鼎盛时期。每天几十个航班进出，仅上海至重庆一条航线就有13艘轮船往返。据统计，1988年十六铺码头发送旅客数达到峰值，全年为678.6万人次。90年代以来，随着铁路、公路交通的迅速发展，水上交通所占比重急剧下降，十六铺码头门庭逐渐冷落。2002年1～11月（12月数据未统计）发送旅客仅51.4万人次。根据浦江两岸综合开发规划布局，长江航班陆续停止，定海、普陀山航班也移至吴淞和芦潮港，十六铺码头作为水上门户的地位不复存在。
1982年新建成的十六铺客运站全貌
1982年新建的客运站大楼（上）和候船大厅（下）
2003年9月24日晚6时35分开往定海的“海游2000”轮，是十六铺码头发出的最后一个航班。次日晨6时30分，从定海驶来的“紫竹林”号缓缓停靠十六铺码头，成为最后在这里靠泊的客运班轮。
“紫竹林”号停靠十六铺码头
2004年12月2日凌晨1时3分，在一阵沉闷的爆破声中，十六铺客运大楼由南向北渐次坍塌。阅尽上海近一个半世纪沧桑的十六铺码头从此谢幕。
2004年12月2日《文汇报》刊登十六铺码头爆破消息
爆破后的残骸
告别昔日的世俗和喧闹，卸下百年客运重负，十六铺码头涅槃重生。十六铺改造一期工程已于2010年竣工。2015年启动的二期改造工程把亲水平台延伸450米至复兴东路，增加绿化景观，并建造瞭望塔。十六铺将变身为集水上旅游中心、公共滨江绿地和大型商业餐饮于一体的城市时尚新地标。
今日十六铺
注：十六铺作为行政区划，北部至今方浜东路为止，是不包括法租界沿江地带的；而作为码头的概念，十六铺范围向北延伸至新开河。
