藿香正气水具有解表化湿、理气和中的功效，可用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒、胃肠型感冒、中暑、呕吐、泄泻等病症。
解表化湿：能缓解外感风寒以及内伤湿滞引起的症状，如头痛昏重、胸膈痞闷等。
理气和中：对胃肠道功能紊乱有很好的调节作用，可缓解腹胀、腹泻等消化不良问题。
抗菌消炎：其成分具有一定的抗菌消炎功效，稀释后外涂可治疗菌类感染引起的头癣、手足癣和灰指甲等疾病，也可用于治疗女性外阴瘙痒等不适感。
祛湿祛邪：可以起到显著的祛湿驱邪和去热清热作用，用于治疗血热或者内郁湿热所引起的各种病症，如外疖等。
其他作用：还有报道指出其可用于治疗急性胃炎外邪犯胃型、糖尿病腹泻、足癣、慢性荨麻疹、湿疹、汗疹、过敏性药疹等病症。
需要注意的是，藿香正气水含有酒精，对酒精过敏者禁用，孕妇、儿童、哺乳期妇女、年老体弱者应在医师指导下使用，并且服用期间不宜与头孢类药物同时服用，以免引起双硫仑样反应。此外，藿香正气水并不适用于所有的中暑情况，特别是阳暑（暑热证），对于阳暑患者，应以清热解暑、益气生津为治则，不宜服用性偏温的藿香正气水。
